De beste tijd om Bonaire te bezoeken is van mei tot oktober wanneer er minder drukte en voordelige hoteltarieven zijn. Van mei tot en met oktober, het laagseizoen, is typisch het orkaanseizoen, maar omdat Bonaire zich in het zuidelijke Caribische gebied bevindt, worden ze meestal niet getroffen. Bovendien heeft Bonaire het hele jaar door consistent weer, dus ook van mei tot oktober is het moooi weer.
Als u een winteruitstap plant, moet u er rekening mee houden dat het hoogseizoen van november/december tot en met april valt op Bonaire, vooral tijdens de feestdagen, wanneer het heerlijke weer volle hotels en hogere prijzen oplevert. Houd er wel relening mee dat er in november en december meer regen valt dan in de rest van het jaar. Zelfs tijdens de nattere maanden hier blijft Bonaire een van de meest dorre en stormvrije eilanden in het Caribisch gebied.
Bonaire ligt aan de rand van de orkaanzone van de regio naast Aruba en Curaçao. Het Caribische orkaanseizoen loopt officieel van begin juni tot eind november. Het gematigde klimaat en de unieke locatie van Bonaire, net ten noorden van de evenaar en veilig buiten de orkaanregio, vormt alleen een kleine bedreiging voor tropische stormen een bedreiging, ongeacht het seizoen.